La Sindicatura s'organitza en set departaments sectorials, cada un dels quals està dirigit per un síndic o síndica i format per un equip d'auditors, ajudants d'auditor i personal de suport, supervisats i coordinats per un auditor supervisor.

Els set departaments tenen encomanada la fiscalització de les diferents àrees temàtiques objecte de control amb la distribució següent:

Departament sectorial A  (Generalitat)

Síndica titular: Sra. Llum Rodríguez Rodríguez

• Departament  d'Acció  Climàtica,  Alimentació  i  Agenda Rural,  excepte  Secretaria d'Acció Climàtica
• Departament d'Interior
• Departament de Justícia
• Departament  de  la  Vicepresidència  i  de  Polítiques  Digitals  i  Territori,  excepte Secretaria de Territori i Mobilitat
• Secretaria d'Administracions Locals i Relacions amb l'Aran
• Secretaria d'Administració i Funció Pública

Departament sectorial B  (Generalitat)

Síndic titular: Sr. Josep Viñas i Xifra

• Departament d'Empresa i Treball
• Infraestructures de la Generalitat de Catalunya, SAU
• Institut Català del Sòl
• Secretaria d'Acció Climàtica
• Secretaria de Territori i Mobilitat

Departament sectorial C  (Generalitat)

Síndica titular: Sra. Maria Àngels Cabasés Piqué

• Departament de Drets Socials
• Departament d'Igualtat i Feminismes
• Departament de Salut

Departament sectorial D  (Generalitat)

Síndica titular: Sra. Anna Tarrach Colls

• Departament de Cultura
• Departament d'Educació
• Departament de la Presidència, excepte Secretaria d'Administracions Locals i Relacions amb l'Aran i Secretaria d'Administració i Funció Pública
• Departament de Recerca i Universitats
• Universitats públiques de Catalunya

Departament sectorial E  (Sector local 1)

Síndic titular: Sr. Manel Rodríguez Tió

• Compte general de corporacions locals
• Ajuntaments i ens dependents
• Entitats municipals descentralitzades

Departament sectorial F  (Sector local 2)

Síndic titular: Sr. Ferran Roquer i Padrosa

• Diputacions
• Consells comarcals
• Entitats metropolitanes
• Mancomunitats
• Fundacions d'àmbit local
• Consorcis d'àmbit local
• Altres societats supramunicipals
   

Departament sectorial G  (síndic major)

Síndic titular: Sr. Miquel Salazar Canalda

• Comptabilitat electoral
• Compte general de la Generalitat de Catalunya
• Departament d'Acció Exterior i Govern Obert
• Departament d'Economia i Hisenda,  excepte  Infraestructures  de  la  Generalitat  de Catalunya, SAU
• Entitats  estatutàries  i  òrgans  superiors  de  consulta  i  assessorament  del  Govern  i  del Parlament
• Fiscalitzacions especials
• Fiscalitzacions interdepartamentals
• Partits polítics i entitats vinculades
• Persones públiques corporatives

També serà competència de cadascun dels set departaments qualsevol organisme autònom, empresa pública o ens que depengui dels esmentats anteriorment.